นายอลงกรณ์ เกิดวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2499 ที่จังหวัดเพชรบุรี[4] มีชื่อเล่นว่า " จ้อน " เป็นบุตรของ นายเพิ่มพล พลบุตร อดีตนายกเทศมนตรีเทศบาลเมืองเพชรบุรี กับนางสาวิตรี พลบุตร ด้านชีวิตครอบครัวสมรสกับนางคมคาย พลบุตร (นามสกุลเดิม "เฟื่องประยูร" อดีต ส.ส.จันทบุรี พรรคชาติพัฒนา บุตรีของ “สนิท เฟื่องประยูร” นักการเมืองดังแห่ง จ.จันทบุรี) เมื่อปี พ.ศ. 2538 กล่าวกันว่า นายอลงกรณ์ ได้รับความอิจฉาจาก ส.ส.หนุ่มจำนวนมากในขณะนั้น เนื่องจาก ส.ส.คมคาย เฟื่องประยูร ผู้เป็นเจ้าสาว เป็น ส.ส.หญิงที่อายุน้อยที่สุดในสภาผู้แทนราษฎร และได้รับการหมายปองจาก ส.ส.หนุ่มโดยทั่วไป

นายอลงกรณ์ มีบุตร-ธิดารวม 3 คน คือ สภาวรรณ พลบุตร ธัชธรรม พลบุตร และพิมพ์สภา พลบุตร